核心处理模块是最重要的组成部分。核心处理模块由一级污水生态处理单元、二级污水生态处理单元、注水和排水系统组成。一级污水生态处理单元填充粒径较大的页岩陶粒，二级单元中填装的是粒径较小的活性氧化铝颗粒。污水处理单元中有生物膜能有效地进行硝化和反硝化，并能去除大部分BOD、TSS和一系列有机与合成化合物。在滤料层的下部是集水排泥区，用于收集处理完成的污水和排出沉淀的污泥。